С момента обретения Азербайджанской Республикой независимости Институт географии в своей научной деятельности сделал приоритетным решение двух важных научных проблем:
1. Закономерности развития природы Азербайджана; исследование природных ресурсов и их экогеографических особенностей; проблемы производства, социальной инфраструктуры и экономико-географические проблемы территориальной организации населения; конструктивные и региональные проблемы республики; процессы опустынивания.
2. Факторы, провоцирующие изменение уровня Каспийского моря и исследование его экологических условий.
Для решения этих двух комплексных научных проблем ниже приведены основные направления научной деятельности института: комплексное изучение закономерностей формирования, устойчивости и изменчивости географической оболочки и развития в региональном масштабе; реконструкция природных условий прошлых геологических периодов; оценка геоморфологического строения территории как одного из ресурсообразующих факторов; эволюция ландшафта; генезис климата и его прогнозирование; методы борьбы с опустыниванием; рациональное использование природных ресурсов; региональное прогнозирование изменения окружающей среды под воздействием глобальных и антропогенных факторов; расселение населения Азербайджана и территориальная организация производства; гидрометеорологические условия Каспийского моря; экогеографические проблемы.
В институте проводятся научно-исследовательские работы по изучению развития природных, экономических и социально-географических процессов, их взаимосвязей; закономерностей размещения природных ресурсов, путей их рационального использования.
Разрабатывается ряд научных проблем по исследованию биосферных, атмосферных, морских природных ресурсов на территории республики, их рациональному использованию и охране окружающей среды.
Продолжаются фундаментальные исследования по прогнозированию климата, изучению гидрометеорологических процессов, ландшафтоведению, геоморфологии, палеогеографии, неотектонике, биогеографии и Каспийскому морю.
В связи с возникновением особой потребности в рациональном использовании природных ресурсов страны после приобретения Азербайджаном независимости, ведущиеся в институте географические научные исследования, носят преимущественно прикладной характер. С этой точки зрения особое значение имеет изданная трехтомная монография «Конструктивная география Азербайджанской Республики».
Уже пять лет как в Институте Географии, дополнительно к плану, проводится научно-прикладная работа на тему: «Региональные географические проблемы Азербайджанской Республики». В связи с изданным Президентом республики в 2004 г. указом о развитии регионов эта тема приобретает еще большую значимость. Разработка долгосрочного прогноза изменения уровня Каспийского моря, прикладная геоморфология, опустынивание, экогеография – наиболее актуальные темы исследований. При восстановлении Бакинского парома и реконструкции объявленного Национальным Парком Бакинского Приморского бульвара использовались данные долгосрочного прогнозирования уровня Каспийского моря, разработанные сотрудниками Института географии.
В институте всегда отдавалось преимущество фундаментальным научным исследованиям. Так за последние 10 лет в годовой отчет НАНА было включено 50 важнейших научных результатов.